2021年6月27日 · circBase综合RegRNA2.0预测circRNA-miRNA结合位点. 本期内容： circRNA-miRNA结合位点预测方法. 一. circBase数据库. circBase是一个记录了H.sapiens、mouse、D.melanogaster和C.elegans这4个物种circRNA信息的公开数据库。

2022年1月24日 · 简介：预测了已知的上百个 RNA 结合蛋白（RBPs）数据集与 circBase 中的 circRNA 的结合位点，并利用Targetscan 软件预测了 miRNAs（miRBase）与 circRNA 的潜在结合位点。

1.miRNA分子海绵，circRNA含有大量的miRNA结合位点，具有miRNA海绵作用，进而间接调控miRNA下游靶基因的表达。 2.调控基因转录 ，circRNA也可以通过与RNA结合蛋白的结合来调控蛋白功能，比如通过与转录因子的结合来抑制基因的转录。

Circbank数据库对约14万种circRNA进行了miRNA结合位点预测（运用了miRanda和RNAhybird两种算法），网站提供了友好的检索查询界面，针对每个circRNA以表格的形式列举出对应的miRNA分子。

2023年10月26日 · miRNA 介导的基因上调是一个新兴的研究领域，与 circRNA-miRNA 海绵结合，可以作为 circRNA-miRNA-mRNA 途径驱动的基因调控的一种未被探索的可能性。 综上所述，近年来，通过 circRNA 作为 ceRNA 进行基因表达的激动人心的机制引起了人们的极大兴趣。

2020年7月3日 · 构建circRNA的ceRNA网络，关键步骤是预测circRNA的miRNA结合位点。 目前已有很多circRNA数据库提供circRNA-miRNA配对关系，如circBank、circAtlas和starbase等，但这些数据库大多只提供预测好的circRNA-miRNA关系对，根据circRNA和miRNA名称进行检索，并不能通过circRNA序列进行miRNA的 ...

两步策略：1，在查询的miRNA序列和mRNA 3'UTR序列间进行动态规划局部比对。 这一比对过程基于序列互补（而不是序列一致性）打分；2，基于第一步获得的高分比对结果（sc参数控制），使用RNAlib（来自ViennaRNA包）评估比对的热力学稳定性。

2022年6月21日 · 从circbase获取环状RNA基因组位置信息，通过UCSC提取环状RNA的序列，利用环状RNA头尾相连构成的junction reads，查询CLIP等数据分析结果，得到环状RNA与RBP蛋白的结合信息，设计验证环状RNA的PCR引物，查询siRNA位点；利用环状RNA全长序列，查询RBP结合位点，miRNA结合位点 ...

2021年9月7日 · circlize(R package) ：circRNA与其靶miRNA的可视化. circRNA可以作为sponge吸附大量的miRNA，从而调控下游基因的表达。对circRNA-miRNA结合的可视化我们可以通过 circlize来展现。

2016年3月23日 · 预测circRNA序列是否存在miRNA的结合位点，以及对结合位点保守性分析。 下图ciRS-7为环状RNA，存在大量miR-7的保守性结合位点。 不同物种中ciRS-7序列的保守性分析，miR-7和miR-671结合位点定位示意图